Descrizione

La storia riprende da dove si era concluso Assassin's Creed II: Ezio Auditore fugge dal Vaticano con lo zio Mario, subito dopo aver sconfitto Rodrigo Borgia ed essere entrato nella cripta, dove Minerva attraverso di lui invia un messaggio a Desmond Miles, esortandolo a trovare tutti i Templi con i Frutti dell'Eden prima del 21 dicembre 2012.

Tuttavia, il giorno dopo il ritorno di Ezio a Monteriggioni, le truppe papali guidate da Cesare Borgia assediano la città. Monteriggioni, assieme a Villa Auditore, viene danneggiata e Mario viene ucciso per mano di Cesare. Ezio, ferito da tre colpi di archibugio, fugge assieme alla popolazione da una galleria sotto al Santuario. In cerca di vendetta, Ezio torna a Roma per sconfiggere i Borgia una volta per tutte.

Nel frattempo Shaun, Rebecca, Lucy e Desmond giungono nell'odierna Monteriggioni, tentando di entrare nel Santuario di Villa Auditore, ma non riescono ad entrare perché il passaggio è bloccato. Una volta entrati grazie alla galleria che Ezio usò per fuggire, Desmond rientra nell'Animus e torna ad accedere ai ricordi del suo antenato italiano.

Ciò che Ezio trova a Roma va al di là di ogni sua aspettativa. La città eterna è avvolta dal degrado per via della politica egoista e spietata dei Borgia, che soffoca e rovina tutta la città. Ad Ezio, quindi, spetterà il compito di liberare tutte le zone di Roma oppresse dai Borgia, distruggendo le torri tramite cui la famiglia del Papa controlla la città, contribuendo così alla rinascita delle botteghe e il restauro di monumenti importanti come il Colosseo o il Pantheon.